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        貝克曼庫爾特 | 揭秘中國人群腎癌關(guān)鍵致病基因:復(fù)旦交大團隊發(fā)文《自然·通訊》

        貝克曼庫爾特 | 揭秘中國人群腎癌關(guān)鍵致病基因:復(fù)旦交大團隊發(fā)文《自然·通訊》
        貝克曼庫爾特生命科學(xué)  2022-06-02  |  閱讀:1027

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        如多數(shù)腫瘤一樣,腎癌的分子分型是提高腎癌療效及腎癌精準治療的關(guān)鍵。

        美國臨床腫瘤蛋白質(zhì)組學(xué)會(Clinical Proteomic Tumor Analysis Consortium, CPTAC)曾公布了103例透明細胞腎癌患者的蛋白質(zhì)基因組學(xué)特征,為歐美國家的腎癌精準治療提供了依據(jù)。但該數(shù)據(jù)來源于西方腎癌患者,同國內(nèi)的患者存在差距,該研究并不能滿足國內(nèi)腎癌臨床和基礎(chǔ)研究中的迫切需求。

        復(fù)旦大學(xué)丁琛教授團隊、葉定偉教授團隊和上海交通大學(xué)趙健元教授團隊聯(lián)合對232例本土腎癌患者人群的腎透明細胞癌(Clear cell renal cell carcinoma,ccRCC)進行了分析 ,綜合蛋白組、基因組并結(jié)合患者臨床病理特征和生存數(shù)據(jù),描繪了中國透明細胞腎癌的蛋白質(zhì)基因表達圖譜,揭示了中國人群腎癌關(guān)鍵致病基因變異。為更優(yōu)的診療提供了依據(jù)。該工作發(fā)表于《自然·通訊》1。

        下圖描述了該研究的整體思路和方法。


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        Fig. 1a: Schematic representation of the multiomics analyses of ccRCC, including sample preparation, protein identification, WES, and function verification. 

        其中WES(全外顯子組測序)是關(guān)鍵數(shù)據(jù)之一。

        作者在文中特別提到,該工作分別使用了IDT埃德特公司的DNA建庫試劑盒(原Swift Biosciences*)、接頭、外顯子WES panel以及定制探針,并使用到了貝克曼庫爾特的SPRIselect (Beckman, B23319)進行了文庫的純化。


        * 2021年3月,IDT埃德特完成對于Swift Biosciences公司的收購。


        IDT埃德特公司的相關(guān)產(chǎn)品:

        1. IDT xGen cfDNA & FFPE DNA 建庫試劑盒(卓越版)

        使用該試劑盒可對cfDNA樣本或FFPE組織提取的 DNA 樣本進行靈敏、準確的變異檢測。使用該試劑盒的專用連接法,可使轉(zhuǎn)化率達到最高并抑制接頭二聚體形成。在單鏈連接期間引入特異性分子標簽 (UMI) 序列,便于采用多種去重和糾錯法。

        2. 原Swift Accel-NGS 2S Hyb DNA 建庫試劑盒(現(xiàn)IDT 2S Hyb DNA 建庫試劑盒)

        利用獨特的專利技術(shù),保證樣品高效的文庫轉(zhuǎn)化率,使得降解樣品和低起始量等困難樣品(例如FFPE、cfDNA等樣品)產(chǎn)出高質(zhì)量的測序數(shù)據(jù)。只需≥10 ng cfDNA 或≥ 100 ng gDNA即可進行PCR-free建庫流程。獨特的5’ 和3’ 修復(fù)步驟,針對損傷樣品(如物理打斷后產(chǎn)生損失)進行修復(fù);對于富含AT/GC的基因組區(qū)域覆蓋度均一,適用于多種樣品類型;優(yōu)異、高效的文庫轉(zhuǎn)化效率使得更多分子進行轉(zhuǎn)化,保持更高的文庫復(fù)雜度;無需接頭稀釋,不同起始量也可保持穩(wěn)定的文庫轉(zhuǎn)化效率。

        3. IDT全外顯子捕獲試劑盒(xGen Exome Research Panel)

        IDT全外顯子捕獲試劑盒(xGen Exome Research Panel)v2由 415,115 條單獨合成且經(jīng)過質(zhì)控檢驗的 xGen Lockdown 探針組成。探針組跨越人基因組的 34 Mb 目標區(qū)域(19,433 個基因),并且覆蓋 39 Mb 的探針空間(即由探針覆蓋的基因組區(qū)域)。探針組中的所有探針均嚴格按照 ISO 13485 標準進行生產(chǎn)。探針使用全新的“捕獲感知”(capture-aware) 算法進行設(shè)計,并進行了專有的脫靶分析,確保實現(xiàn)最完整的設(shè)計覆蓋度。每條探針均經(jīng)過質(zhì)譜法和雙定量測量檢驗,確保探針的質(zhì)量及在探針庫中具有適當(dāng)?shù)拇硇?。通過始終如一的深度覆蓋,致力于推動臨床科學(xué)研究。


        關(guān)于貝克曼庫爾特的SPRselect:

        SPRI純化技術(shù)采用順磁性磁珠、選擇性的結(jié)合特定大小的核酸,已廣泛應(yīng)用于NGS的純化及片段篩選等領(lǐng)域,被超200多主流NGS試劑盒推薦,超15,000篇論文引用。相比于傳統(tǒng)純化磁珠,SPRIselect更具備如下優(yōu)勢:

        1,室溫儲存。

        即拿即用、省錢省時:節(jié)省昂貴的冰箱空間,更省去大量溫度平衡的時間;

        2,精準的片段篩選,且保證不同批次間穩(wěn)定性。

        不論今年或明年,可靠的SPRIselect將始終如一的產(chǎn)出可重復(fù)的片篩結(jié)果,無需重復(fù)測試磁珠比例。如下圖所示,不同批次間片篩均值差異不超過2 bp。官方提供片段篩選濃度指引。


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        3,專家首選。

        已有超40個知名建庫試劑盒推薦SPRIselect;超1,000篇論文選用SPRIselect。


        訂購信息


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        參考文獻:

        1,Qu, Y., Feng, J., Wu, X, et. al. A proteogenomic analysis of clear cell renal cell carcinoma in a Chinese population. Nature Communications. (2022). DOI: 10.1038/s41467-022-29577-x


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