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        Hiseq DNA測(cè)序儀
        Hiseq DNA測(cè)序儀

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        美國(guó)

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        暫無(wú)
        杭州紐藍(lán)科技有限公司

        會(huì)員

        |

        第2年

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        HiSeq 1500/2500系統(tǒng)是世界上*廣泛采用的新一代測(cè)序平臺(tái)中的**成員。HiSeq 1500/2500系統(tǒng)具有與革命性的HiSeq 2000系統(tǒng)相同的核心結(jié)構(gòu),并整合**進(jìn)展,如內(nèi)置簇生成和快速運(yùn)行模式,實(shí)現(xiàn)了*快的無(wú)人值守流程。

        ****的靈活性

        HiSeq 2500系統(tǒng)是Illumina**臺(tái)特有兩種運(yùn)行模式的測(cè)序系統(tǒng),包括快速運(yùn)行和高產(chǎn)量運(yùn)行模式,可使用一個(gè)或兩個(gè)流動(dòng)槽,使之成為一個(gè)靈活且可擴(kuò)展的平臺(tái)。快速運(yùn)行模式提供快速的結(jié)果、數(shù)量有限樣品的高效處理,以及更長(zhǎng)的末端配對(duì)150 bp讀取,這帶來(lái)了更深度的覆蓋,并改善de novo應(yīng)用的組裝。高產(chǎn)量模式特別適合樣品量較多的大型研究,或需要*深度覆蓋的應(yīng)用。高產(chǎn)量模式可處理的樣品量是快速模式的~5倍,讓大型項(xiàng)目可通過(guò)盡可能少的運(yùn)行來(lái)完成。

        HiSeq 2500的多個(gè)配置讓產(chǎn)量可調(diào),既能在7小時(shí)內(nèi)獲得~10 Gb或~3億個(gè)單端讀取,又能在11天內(nèi)獲得600 Gb或60億個(gè)末端配對(duì)讀取,這取決于應(yīng)用需求或項(xiàng)目期限。高效的樣品批處理從未如此簡(jiǎn)單,而周轉(zhuǎn)時(shí)間也從未如此之快。HiSeq 1500也具有這兩種運(yùn)行模式,支持單個(gè)流動(dòng)槽,而不是兩個(gè)。HiSeq 1500/2500系統(tǒng)讓您的實(shí)驗(yàn)室擁有****的靈活性,以便支持*廣泛的應(yīng)用和研究規(guī)模。

        驚人的速度和通量

        快速運(yùn)行模式是HiSeq系統(tǒng)設(shè)計(jì)上的一個(gè)革命性附加,它通過(guò)縮短的循環(huán)時(shí)間和內(nèi)置的簇生成來(lái)顯著加快運(yùn)行。在快速運(yùn)行模式下,您能夠完成全自動(dòng)的簇生成和測(cè)序,在一個(gè)工作日內(nèi)實(shí)現(xiàn)短讀取應(yīng)用,或在一天多的時(shí)間內(nèi)通過(guò)末端配對(duì)100 bp讀取實(shí)現(xiàn)全基因組測(cè)序應(yīng)用。數(shù)據(jù)通量超過(guò)100 Gb,因此一天內(nèi)人類基因組的測(cè)序覆蓋度超過(guò)30倍(圖1)。在需要快速且準(zhǔn)確的答案時(shí),快速運(yùn)行時(shí)間再加上**的數(shù)據(jù)質(zhì)量很關(guān)鍵。快速運(yùn)行模式的加速運(yùn)行以及平行處理約6億個(gè)測(cè)序模板的能力帶來(lái)了現(xiàn)有測(cè)序系統(tǒng)中**的每日通量。

        圖1:****的靈活性支持多個(gè)應(yīng)用

        有了兩種運(yùn)行模式以及使用一個(gè)或兩個(gè)流動(dòng)槽的能力,HiSeq 2500支持廣泛的應(yīng)用和研究規(guī)模。本圖中的數(shù)據(jù)是例子,基于使用兩個(gè)流動(dòng)槽的系統(tǒng)性能。因簇密度、樣品質(zhì)量,及其他實(shí)驗(yàn)因素不同,可能會(huì)出現(xiàn)差異。運(yùn)行時(shí)間是近似的,快速運(yùn)行模式包括簇生成和測(cè)序,而高產(chǎn)量模式只包括測(cè)序。添加索引的運(yùn)行時(shí)間未包括在內(nèi)。

        出色的數(shù)據(jù)質(zhì)量

        高的數(shù)據(jù)質(zhì)量是通過(guò)行業(yè)中*廣泛采用的邊合成邊測(cè)序(SBS)技術(shù)的應(yīng)用來(lái)確保的。HiSeq 1500/2500系統(tǒng)的SBS技術(shù)利用**的可逆終止子方法對(duì)數(shù)百萬(wàn)個(gè)片段進(jìn)行測(cè)序,在單個(gè)堿基摻入增長(zhǎng)的DNA鏈時(shí)檢測(cè)它們。由于每個(gè)測(cè)序循環(huán)中四種與可逆終止子結(jié)合的dNTP都存在,故自然競(jìng)爭(zhēng)讓摻入偏向*小化,與其他技術(shù)相比大大降低了原始錯(cuò)誤率。*終結(jié)果是高度準(zhǔn)確的base-by-base測(cè)序,幾乎避免了序列背景特異的錯(cuò)誤,即使是在那些重復(fù)序列區(qū)和同聚物中。Illumina測(cè)序帶來(lái)了行業(yè)中任何覆蓋水平的*準(zhǔn)確人類基因組、**產(chǎn)量的無(wú)錯(cuò)誤讀取以及**比例的>Q30堿基檢出(圖2)。

        圖2:快速運(yùn)行模式下的讀取 vs. Q值

        快速運(yùn)行模式下HiSeq 2500系統(tǒng)上人類基因組2 x 101 bp運(yùn)行的質(zhì)量值。這個(gè)例子表明,92%的堿基高于Q30。

        **的數(shù)據(jù)質(zhì)量和存儲(chǔ)方案

        Illumina生物信息學(xué)的新發(fā)展包括數(shù)據(jù)壓縮改善、測(cè)序比對(duì)算法更快,以及一套即插即用的數(shù)據(jù)計(jì)算和存儲(chǔ)方案。

        HiSeq 1500/2500軟件將數(shù)據(jù)體積縮小50%以上,而不會(huì)損害數(shù)據(jù)質(zhì)量。這允許產(chǎn)量加倍,而無(wú)需將數(shù)據(jù)存儲(chǔ)能力擴(kuò)大兩倍。HiSeq 1500/2500軟件還能夠與BaseSpace® 實(shí)時(shí)連接,這是一種云計(jì)算環(huán)境,可實(shí)現(xiàn)實(shí)時(shí)的堿基檢出、比對(duì)后的數(shù)據(jù)分析以及可擴(kuò)展的數(shù)據(jù)存儲(chǔ)。將數(shù)據(jù)上傳至BaseSpace可實(shí)時(shí)進(jìn)行,通常在運(yùn)行完成幾分鐘后結(jié)束。BaseSpace中的數(shù)據(jù)上傳、數(shù)據(jù)比對(duì)或變異檢出不會(huì)產(chǎn)生任何額外的費(fèi)用。研究人員可通過(guò)BaseSpace云端開(kāi)展合作,與世界上的任何人即時(shí)安全地共享數(shù)據(jù)。

        BaseSpace還提供Illumina序列分析和比較軟件(iSAAC™)- 目前*快的比對(duì)軟件。iSAAC軟件的速度有了4-6倍的提高,可在幾小時(shí)內(nèi)將一個(gè)30x的基因組與參考基因組比對(duì)。比對(duì)可在BaseSpace中免費(fèi)開(kāi)展,或利用經(jīng)濟(jì)的商業(yè)化計(jì)算硬件開(kāi)展。iSAAC軟件對(duì)生物學(xué)家而言簡(jiǎn)單易用,而對(duì)生物信息學(xué)家而言又足夠靈活,可訪問(wèn)并修改開(kāi)放源代碼。BaseSpace應(yīng)用商店將提供更多的工具和軟件,帶來(lái)商業(yè)化、免費(fèi)軟件和用戶開(kāi)發(fā)應(yīng)用的組合。

        研究人員也可使用IlluminaCompute™,這是一套即插即用的測(cè)序數(shù)據(jù)計(jì)算和存儲(chǔ)方案。IlluminaCompute特有來(lái)自我們的合作伙伴Dell和EMC Isilon的行業(yè)**技術(shù),來(lái)自Illumina客戶解決方案的安裝和維護(hù),以及一套預(yù)置的軟件,用于數(shù)據(jù)處理、比對(duì)和變異檢測(cè)。有了IlluminaCompute,實(shí)驗(yàn)室可在幾周而不是幾個(gè)月內(nèi)全面投入運(yùn)作,甚至無(wú)需預(yù)先購(gòu)買(mǎi)IT設(shè)備。

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