編號：NMJS05439
篇名：白蛋白和石墨烯的結(jié)構(gòu)及其相互作用的分子動力學模擬
作者：孫穎； 丁佳麗； 宗皓； 王健丹； 呂曉迎；
關(guān)鍵詞：分子動力學模擬； 白蛋白； 石墨烯； 相互作用機制；
機構(gòu)： 東南大學生物電子學國家重點實驗室； 東南大學江蘇省生物材料與器件重點實驗室； 東南大學軟件學院；
摘要： 采用分子動力學模擬的方法分析研究了白蛋白與石墨烯表面的相互作用.分子模擬過程采用Gromacs軟件進行運算及數(shù)據(jù)采集分析,并采用VMD軟件實現(xiàn)結(jié)構(gòu)的可視化.首先,建立周期邊界條件,在邊長為9 nm的有限空間中采用恒溫恒壓系綜,對ffgmx力場條件下的白蛋白原始真空構(gòu)象進行優(yōu)化,使其在水相中達到平衡態(tài).然后,以水相中得到的穩(wěn)定的白蛋白作為模型,構(gòu)建與石墨烯相互作用的總體構(gòu)象及界面.最后,在周期性邊界條件下,經(jīng)過500 ps的動態(tài)過程,完成了白蛋白在石墨烯表面的吸附.對能量、殘基軌跡、扭轉(zhuǎn)角等數(shù)據(jù)進行分析總結(jié),確定了白蛋白在石墨烯表面的吸附位點為白蛋白序列中90~97號肽段90ALA-91GLY-92ILE-93THR-94SER-95ASP-96PHE-97TYR.
